巴氏殺菌機利用病原體不是很耐熱的特點，用適當的溫度和保溫時間處理，將其全部殺滅。以下就是巴氏殺菌機的應用領域：
各種類型低溫肉食制品滅菌、火腿腸滅菌、香腸滅菌、水果罐頭滅菌、果汁飲料滅菌、蔬菜汁飲料滅菌、醬腌菜滅菌、醬菜滅菌、鹽漬菜滅菌、腌漬菜滅菌、大醬滅菌、大根滅菌、泡菜滅菌、榨菜滅菌、山野菜滅菌、果醬滅菌、果凍滅菌、豆制品滅菌、酸奶滅菌、奶制品滅菌、罐頭滅菌等真空軟包裝食品、軟管軟瓶包裝物、玻璃瓶包裝的醬菜、醬腌菜、果醬、罐頭包裝物的滅菌。該機還適用于水果山野菜及其它特種果品蔬菜的漂燙或予煮等工序。
巴氏殺菌機地保存了產品的營養與天然風味，在所有殺菌產品中是好的一種。巴氏殺菌機不斷發展的過程中一些技術也不再不斷進步，隨著巴氏殺菌工藝的不斷發展，巴氏殺菌機的種類也會不斷的增加。